CEP CCIT FTUI dipimpin oleh seorang Direktur yang juga berstatus sebagai Dosen tetap FTUI, dibantu seorang Manajer Akademik CEP CCIT FTUI dan seorang Wakil Manajemen Mutu. Sebagai unit usaha yang  berada di bawah fakultas, fungsi pembinaan dan pengawasan CEP CCIT FTUI langsung dilakukan oleh pimpinan fakultas yaitu  Dekan FTUI dan Manajer Kerjasama dan Ventura FTUI. Dalam operasional sehari-hari, saat ini CEP CCIT FTUI didukung 30 orang staf dan pengajar.

Direktur-direktur CEP-CCIT FTUI dari masa ke masa:

  1. Dr. Ir. Ahmad Indra Siswantara (2002-2005)
  2. Prof. Dr. Ir. Harinaldi, M.Eng. (2006-2007)
  3. Prof. Dr. Ir. Bondan T. Sofyan, M.Si. (2007-2008)
  4. Prof. Dr. Ir. Anak Agung Putri Ratna, M.Eng. (2008-2009)
  5. Dr. Ir. Aries Subiantoro, M.Sc. (2009-2018)
  6. Prof. Dr. Muhammad Suryanegara, S.T., M.Sc., IPU (2018 – sekarang)